POST DOCTORANT F/H

Projet et missions principales :
Analyse de données single-cell RNA-seq sur PBMC humains prélevés avant et après traitement bloquant les points de contrôle immunitaire (ICB) :
- Détection de signatures transcriptomiques circulantes associées à la survenue d'effets indésirables immuno-induits (irAE) ;
- Analyse longitudinale de la dynamique des populations immunitaires sous traitement ;
- Identification et caractérisation des sous-types cellulaires (lymphocytes T CD4/CD8, cellules NK, B, myéloïdes) impliqués dans la réponse ou la toxicité.
Cartographie ciblée d'eQTL à partir des données single-cell RNA-seq :
- Intégration des génotypes germinaux avec l'expression génique à l'échelle monocellulaire pour détecter des loci de régulation dans des sous-populations immunitaires spécifiques ;
- Analyse des associations entre eQTL et phénotypes cliniques, en particulier la réponse au traitement et la survenue d'irAE ;

Évaluation de la susceptibilité génétique aux toxicités inflammatoires induites par des immunothérapies innovantes (ex. T cell engagers, TCE) :
- Exploitation de données génomiques issues de biopsies liquides (cfDNA), après imputation ;
- Calcul de scores polygéniques (PGS) liés à la régulation des cytokines, à la signalisation inflammatoire et à la fonction immunitaire ;
- Modélisation statistique (analyses multivariées) des associations entre ces scores et les toxicités cliniques (ex. syndrome de relargage des cytokines [CRS], neurotoxicité).
Connaissances et compétences professionnelles :
- Expérience démontrée dans l'analyse de données single-cell RNA-seq, en particulier appliquées à des échantillons humains ;
- Maîtrise des langages de programmation usuels en bioinformatique (R, Python, Bash) et de l'utilisation d'environnements HPC (gestion de jobs avec SLURM, environnements conda, conteneurs Singularity) ;
- Connaissance des principaux outils et pipelines d'analyse single-cell : CellRanger, STAR, Seurat, Scanpy ;
- Expérience dans l'analyse de données génétiques humaines (eQTL, génotypage, association génotype/phénotype) ou intérêt fort pour acquérir ces compétences ;