Elles ne représentent que 4 % des écoles hors contrat : les écoles musulmanes sont de plus en plus nombreuses mais encore très minoritaires par rapport aux écoles catholiques (25 %) et même juives (6 %).
En 2015, le directeur de l’institut Ibn Badis de Nanterre, Sabar Kabbouchi, expliquait que « l’école publique malheureusement ne correspond plus à l’attente des familles pour beaucoup de choses. On a vu la polémique par rapport au repas sans viande dans les établissements scolaires alors qu’on ne demande pas de viande halal. On demande juste à ce que les enfants puissent choisir. Même chose pour la discrimination de l’entrée dans l’établissement des jeunes filles collégiennes qui portent leur voile. Ça a provoqué une prise de conscience collective dans la communauté. »
Mais une proposition de loi, faite par les sénateurs et soutenue par le ministre Jean-Michel Blanquer, vise à mieux contrôler les écoles hors contrat. Cette proposition, portée par la sénatrice UDI Françoise Gatel, vise bien toutes les écoles libres, mais cible sans vraiment le dire les écoles musulmanes. La sénatrice l’avoue d’ailleurs en prenant pour exemple le cas d’une école à Toulouse : « Le cas de l’école coranique de Toulouse a montré l’impuissance totale de l’Etat. On est dans un pays qui s’indigne de la radicalisation. Comment rester inactif ? », demande Françoise Gatel qui cite un établissement dont la fermeture avait été demandée en décembre 2016 par le tribunal correctionnel pour « non-respect de l’enseignement du socle commun de l’Education nationale. » L’école avait finalement obtenu de la part de la justice l’annulation de cette fermeture en l’absence de motivations du rectorat.
Le texte de loi proposé par la sénatrice centriste prévoit de simplifier et mieux encadrer le régime d’ouverture des établissements privés hors contrat. Le texte sera étudié jusqu’à aujourd’hui au Sénat. Selon François Gatel, l’administration dispose de « motifs trop restreints pour garantir aux enfants une instruction de qualité et prévenir les dérives potentielles (risque de radicalisation, insuffisance pédagogique…). »
La précédente ministre de l’Education, Najat Vallaud-Belkacem, avait déjà tenté, sans succès, de freiner l’élan des écoles musulmanes hors contrat, alertée par de plus en plus de signalements « de citoyens et élus locaux inquiets de voir se développer en France des embrigadements idéologiques. » Mais viser exclusivement les écoles musulmanes aurait signé l’arrêt de mort de la proposition de loi. François Gatel veut donc s’attaquer à tous les établissements alternatifs : la droite semble d’accord avec la sénatrice concernant l’encadrement strict des écoles musulmanes mais risque de ne pas apprécier que les écoles catholiques soient elles aussi dans le viseur de l’Etat.